W 1992 r. Instytut posiadający liczną samodzielną i pomocniczą kadrę podzielił się na trzy odrębne jednostki – Instytut Projektowania Urbanistycznego (kierowany przez W. Cęckiewicza), Instytut Projektowania Miast i Regionów (kierowany przez ST. Juchno-wicza) i Instytut Architektury Krajobrazu (kierowany przez J. Bogdanowskiego). Po przejściu na emeryturę profesora Witolda Cęckiewicza w 1994 r. dyrektorem Instytutu Projektowania Urbanistycznego został profesor Wacław Seruga, który kierował Instytutem w latach 1994-99. W latach 2000-2001 dyrektorem Instytutu Projektowania Urbanistycznego był profesor Andrzej Wyżykowski, a od 2002 r. profesor Jacek Gyurkovich. Instytut składał się początkowo z trzech jednostek organizacyjnych – Katedry Kompozycji Urbanistycznej, Zakładu Kształtowania Środowiska Mieszkaniowego i Zakładu Rewaloryzacji i Rozwoju Zespołów Urbanistycznych. W ostatnim dziesięcioleciu nastąpiła kolejna zmiana pokoleniowa – obecnie wszystkie jednostki organizacyjne Wydziału Architektury – dawne, przekształcone lub utworzone objęli profesorowie III generacji, wykształceni i wychowani przez znakomitych poprzedników. Zakładem Kształtowania Środowiska Mieszkaniowego, przekształconym w 2(XX) r. w Katedrę o tej samej nazwie, kieruje od 1992 r. profesor Wacław Seruga (dziekan Wydziału Architektury w latach 1999-2005). Szefem Katedry Odnowy i Rozwoju Zespołów Urbanistycznych (przekształconej w 2002 r. z Zakładu Rewaloryzacji i Rozwoju Zespołów’ Urbanistycznych) jest od początku powitania tej jednostki profesor Andrzej Wyżykowski, pełniący równocześnie funkcję Głównego Architekta Miasta Krakowa od 2002 r. W 1997 r. został utworzony przez profesora Krzysztofa Biedę Zakład Kształtowania Przestrzeni Komunikacyjnych. Profesorowie Wacław Seruga, Andrzej Wyżykowski i Krzysztof Bieda są wychowankami i dyplomantami profesora Witolda Cęckiewicza, byli wcześniej asystentami, a następie adiunktami w Zakładzie Projektowania Urbanistycznego. W 2003 r. powrócił do Instytutu Projektowania Urbanistycznego Zakład Architektury i Planowania Wsi, kierowany przez profesora Marka Kowickiego.
Zakład Kompozycji Urbanistycznej został utworzony z Katedry Kompozycji Urbanistycznej w 1995 r. Po przejściu na emeryturę profesora Witolda Cęckiewicza w 1994 roku Katedra istniała jeszcze przez rok, a funkcję p.o. kierownika Katedry objął z polecenia profesora W. Cęckiewicza bliski współpracownik Profesora dr inż. arch. Jacek Gyurkovich, który nadal kieruje tą jednostką – już jako kierownik od 2000 r. po uzyskaniu stopnia naukowego doktora habilitowanego a następnie w 2001 r. stanowiska profesora nadzwyczajnego Politechniki Krakowskiej. Profesor Witold Cęckiewicz kontynuował pracę dydaktyczną w Zakładzie Kompozycji Urbanistycznej prowadząc wykłady z projektowania obszarów śródmiejskich i projektowanie specjalistyczne do 2004 r., oraz do końca 2005 r. projektowanie dyplomowe. Pracownicy naukowi Zakładu Kompozycji Urbanistycznej to kadra o dużym doświadczeniu dydaktycznym, naukowym i zawodowym a także młodzi, utalentowani, aktywni twórczo dydaktycy. Obecnie kadra dydaktyczna liczy 11 osób i wspomagana jest przez jednego pracownika administracyjnego. Kadra wywodząca się z dawnego Instytutu Projektowania Urbanistycznego, później Zakładu Projektowania Urbanistycznego to: dr inż. arch. Barbara Rzegocińska-Tyżuk (wcześniej od 1969 r. w Katedrze Projektowania Osiedli i Terenów Zielonych), dr hub. inż. arch. Hanna Crabowska-Pałecka (od 1971 r.), dr hab. inż. arch. Jacek Gyurkovich (od 1972 r.), prof. PK, dr inż. arch. Andrzej Lorek (od 1973 r.) i dr inż. arch. Wojciech Wicher (od 1987 r.), mgr inż. arch. Beata Malinowska-Petelenz (od 1989 r.). Pracę w Katedrze Kompozycji Urbanistycznej rozpoczęła (jako asystent) dr inż. arch. Anna Agata Kantarek (w 1995 r.). W Zakładzie Kompozycji Urbanistycznej podjęli pracę dr inż. arch. Mateusz Gyurkovich (jako asystent w 2001 r.), mgr inż. arch. Agnieszka Wójcik (w 2002 r.), mgr inż. arch. Miłosz Kowalski (w 2003 r., wcześniej w Katedrze Kształtowania Środowiska Mieszkaniowego) oraz mgr inż. arch. Anna Fikus (w 2004 r.). Wieloletnimi pracownikami Zakładu Projektowania Urbanistycznego i (od 1992 r.) Katedry i później (od 1995 r.) Zakładu Kompozycji Urbanistycznej byli: dr inż. arch. Agnieszka Pęc-kowska (od 1970 r. w Instytucie, później Zakładzie Projektowania Urbanistycznego, od 2002 r. w Katedrze Kształtowania Środowiska Mieszkaniowego, obecnie od 2004 r. na emeryturze), dr hab. inż. arch. Anna Franta (od 1976 r. w Zakładzie Projektowania Urbanistycznego, od 1997 r. w Zakładzie Kształtowania Przestrzeni Komunikacyjnych), dr inż. arch. Krzysztof Bojanowski (od 1991 r. w Zakładzie Projektowania Urbanistycznego, od 1997 r. w Zakładzie Kształtowania Przestrzeni Komunikacyjnych).
Dydaktyka realizowana w Zakładzie Kompozycji Urbanistycznej obejmuje szeroki wachlarz zagadnień projektowania architektoniczno-urbanistycznego związanych z kształtowaniem środowiska zamieszkania i śródmiejskich zespołów urbanistycznych. W jednostce prowadzone są intensywne badania naukowe, których wyniki publikowane są w prestiżowych czasopismach architektonicznych. Prowadzone badania pozwoliły na zorganizowanie w ostatnich latach dwóch międzynarodowych konferencji: Miasto w Mieście / City with-in the City (2004 r.) i Publiczna Przestrzeń Współczesnego Miasta / Public space of contemporary City (2005 r.). Aktywność naukowa pracowników owocuje rozwojom kadry, podnoszeniem kwalifikacji i uzyskiwaniem stopni naukowych. Szczegółowe informacje o pracownikach Zakładu Kompozycji Urbanistycznej zawarte są w indywidualnych biogramach.